La Fundación Neumológica Colombiana nació a comienzos de la década de los 90, de la idea que tuvieron el doctor Darío Maldonado Gómez, médico neumólogo y profesor universitario, y un grupo de sus pacientes y amigos, liderado por el doctor Samuel Hoyos Arango, de crear en el país una institución especializada en la atención integral de los enfermos respiratorios y en la docencia e investigación en el campo de la neumología con los más altos niveles de calidad científica y humana.

Esta idea se concretó con la aprobación, por parte de la Alcaldía Mayor de Bogotá, de la personería jurídica de la institución en 1991.

Para esa época, la Fundación Cardio Infantil - Instituto de Cardiología, creada años atrás con una filosofía similar en el área de la cardiología, se encontraba en una etapa de desarrollo acelerado y necesitaba contar con un complemento sólido en el campo respiratorio, lo cual propició que la naciente Fundación Neumológica Colombiana se constituyera en su Unidad de Neumología e iniciara la construcción, en diciembre de 1991, de sus instalaciones  anexas a la Fundación Cardio Infantil.

Mientras se adelantaban los trabajos de construcción de su sede, la Fundación Neumológica Colombiana inició labores, temporalmente, en un consultorio del Centro Médico de La Sabana en Bogotá. Para la fecha de inauguración de la sede, el 29 de septiembre de 1992, la Fundación contaba con tres internistas neumólogos, una enfermera jefe, una fisioterapeuta, una secretaria y un contador, y los servicios de consulta de neumología, laboratorio de pruebas de función pulmonar básica, broncoscopia y terapia respiratoria.

Desde entonces, la Fundación ha vivido un proceso de desarrollo continuado, aumentando en número y calidad su recurso humano y adquiriendo paulatinamente equipos de alta tecnología. En 1997 se adelantó una ampliación locativa y se puso en funcionamiento el laboratorio de sueño que para mediados del año 2006 había realizado cerca de 5000 estudios polisomnográficos. En 1998 se creó el Programa de Atención Integral al Enfermo Respiratorio que dio paso a la implementación del servicio de rehabilitación pulmonar, hoy en día, pilar de la mejoría de la calidad de vida del paciente respiratorio crónico.

En octubre de 1999, en una acción conjunta de la Fundación Neumológica Colombiana y la Fundación Cardio Infantil se puso en funcionamiento, con seis camas, la Unidad de Cuidado Intensivo Médico que a comienzos de 2004 se amplió a doce camas dotadas de la más alta tecnología, convirtiéndola en una de las más modernas del país y de la región, abanderada de la ventilación mecánica no invasiva. Para ese mismo momento se realizó una ampliación locativa que permitió mejorar las áreas del Laboratorio de Función Pulmonar y el Laboratorio de Sueño.  

Respondiendo a la necesidad de una atención integral y continuada de las enfermedades respiratorias más frecuentes, la Fundación Neumológica Colombiana desarrolló y puso en funcionamiento en el año 2004 el programa AIREPOC para la atención de pacientes con enfermedad pulmonar obstructiva crónica (EPOC) y en el año 2005 el programa ASMAIRE INFANTIL dedicado a la atención integral del niño con asma que, al igual que su extensión ASMAIRE dedicada al adulto, tiene como elemento central la educación del paciente, su familia y su entorno. Esto ha llevado a que recientemente la Fundación desarrolle un servicio de pedagogía y cuente con asesoría en el área de la psicología. Con este enfoque, en los últimos años, se ha fortalecido el concepto del manejo integral del enfermo respiratorio a través de un equipo interdisciplinario y se ha evolucionado del concepto de un servicio de terapia respiratoria al de un área de Cuidado Respiratorio.

La creación y crecimiento de los programas AIREPOC y ASMAIRE INFANTIL, la expansión del área administrativa de la Fundación y la incapacidad locativa de crecer en las instalaciones originales, crearon la necesidad de una sede alterna que se inauguró y se puso en funcionamiento en diciembre de 2005 en el barrio Toberín a pocos minutos de la sede principal.

Desde su comienzo, siguiendo la misión institucional y la vocación de sus creadores, la Fundación Neumológica Colombiana ha mantenido una actividad académica sistemática encaminada a mejorar continuamente las competencias de su propio personal y a formar estudiantes de pregrado y postgrado, en medicina y terapia respiratoria, mediante convenios con instituciones de alta calidad académica como la Universidad de La Sabana, la Universidad Javeriana, el Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario, la Escuela Colombiana de Rehabilitación, la Universidad de Boyacá y la Universidad de Cartagena. En el año 2005, en convenio con la Universidad de La Sabana, la Fundación Neumológica Colombiana obtuvo la aprobación del Programa de Especialización en Neumología para médicos internistas cuyo primer residente inició actividades en enero de 2006.

La investigación en la Fundación Neumológica Colombiana, como parte de su misión, se inició desde su propia creación en 1991. En 1995 se instituyó el Comité de ética en Investigación que en 1999 entró a regirse por las normas nacionales e internacionales más estrictas. Como consecuencia del crecimiento de las actividades en este campo, a comienzos del año 2005, se creó el Centro de Investigación de la Fundación Neumológica Colombiana y se delimitó el Comité de ética en Investigación como ente independiente encargado de velar por la seguridad y  respeto a la dignidad de las personas involucradas en las investigaciones. A través de estos 15 años, la Fundación ha definido sus líneas primarias de investigación: la fisiología pulmonar y el sueño en la altura, en sanos y en enfermos, aprovechando el ambiente natural que ofrece la altura de Bogotá (2.640 m sobre el nivel del mar), la epidemiología de la enfermedad respiratoria crónica, la enfermedad pulmonar obstructiva crónica por humo de leña, la rehabilitación pulmonar y la ventilación mecánica no invasiva entre otras.

La actividad docente e investigativa le ha permitido a la Fundación Neumológica Colombiana la producción de más de 100 publicaciones entre artículos originales, capítulos de libros de texto, trabajos presentados en congresos nacionales e internacionales, artículos de revisión y guías de diagnóstico y manejo.
    
En la actualidad, la Fundación Neumológica Colombiana cuenta con más de setenta personas entre especialistas en neumología de adultos y pediátrica, fisioterapeutas y terapeutas respiratorias, enfermeras, pedagoga, personal administrativo y de servicios generales y especialistas consultantes en cirugía de tórax, epidemiología clínica, radiología y psicología.

En febrero de 2006, en una nueva acción conjunta con la Fundación Cardio Infantil – Instituto de Cardiología, el Consejo Directivo de la Fundación Neumológica Colombiana aprobó el proyecto de Construcción de la Nueva Sede, ubicada al frente de las instalaciones actuales, y que tendrá más de 3000 metros cuadrados dedicados al cumplimiento de nuestra misión. Se espera que a finales del año 2007 se esté poniendo en funcionamiento nuestra nueva sede.